2008年5月22日，甲公司与乙工程有限公司签订《钢结构安装施工合同》，约定甲公司承建厂房钢结构安装工程。

合同约定，自竣工验收之日起15日内支付决算总价的95%，余下5%为质量保证金，自完工交付使用后12个月付清。

合同签订后，甲公司按合同约定完成了施工项目的全部内容，履行了合同约定的义务。

依据《钢结构安装施工合同》，该工程最后决算款为2807967.93元（系甲公司单方计算，未经乙工程有限公司确认）。

乙工程有限公司于合同签订后支付了100万元工程预付款，完工后经甲公司多次催要，也仅支付了68万元，尚欠工程款1127967.93元。

2010年5月19日，甲公司依据合同约定将乙工程有限公司告上法庭，要求其支付余下工程款。

乙工程有限公司针对甲公司提出反诉，称工程存在质量问题和安全隐患，请求支付拆除、重做费用1220055.65元，工期延误违约金128000元。

后经法院聘请专业机构鉴定：

甲公司依法申请了工程造价鉴定，工程造价鉴定总价为1877001元。

乙工程有限公司对质量问题申请鉴定，鉴定结果为：

（1）部分支架基础混凝土强度不符合图纸要求；

（2）被检H型钢规格与设计图纸不符；

（3）部分支架挡风板内侧增加方钢管不符合设计图纸要求。

甲公司针对质量鉴定的问题，提出申请对支架基础现有的强度检测结果及增加方钢管承载力能否满足规范使用要求进行测算鉴定，经过鉴定结果为：支架桩基的承载力及外侧增加方钢管承载力满足规范要求。

最后在法院主持下，双方达成调解协议：乙工程有限公司支付甲公司剩余工程款项。