通常情况下，公司章程是以发起人协议为基础而制定的。发起人协议的内容，一般会被公司章程所吸收，这种情况下发起人协议和公司章程很少发生冲突。

但是，公司章程有时也会做出与发起人协议相冲突的规定，这个时候以什么为准呢？

实践中一般是以公司章程为准。

首先，从合同的相对性来看，公司章程是公司自治性质的根本规则，可以说是公司法人的“根本大法”，规定了公司一切重大问题的处理原则和解决方式，调整的是公司内外部所有的关系。而发起人协议调整的范围相对较小，只在发起人协议中发生效力，无法对抗第三人。

其次，从公示性看，公司章程是公开性文件，它经过了公司登记机关的登记和备案，股份有限公司在向社会公开募集股份时，还必须公示本公司的公司章程。而发起人协议只是内部协议，除了参与签署的发起人之外，甚至公司高级管理人员可能都不知情。

最后，从签订日期看，通常情况下公司章程都是在发起人协议之后签订的，根据后法优于前法的原则，后签订的公司章程也应当优于先签订的发起人协议。

但是，如果公司章程中有未规定的事项，而发起人协议中有所规定，并且该规定也不违反法律的强制性规定，则该约定继续有效，但它的法律效力仅仅局限于签约的发起人之间。