组织形式是基金作为整体与投资人等主体发生法律关系的法律资格，是确定基金管理人与投资人之间的关系以及基金内部运作机制的法律基础。不良资产投资基金的组织形式与私募投资基金适用的法律依据一致。2014年8月21日，证监会发布《私募投资基金监督管理暂行办法》，明确了私募投资基金的组织形式有公司制、契约制以及合伙制三种类型。

1.公司制。是指以有限责任公司或者股份有限公司形式组织和运作的私募投资基金。基金管理人以公司名义对外投资，投资人以购买一定比例的基金份额持有公司的股份，作为公司股东。公司制私募基金的法律基础由《公司法》《证券法》以及《创业投资企业管理暂行办法》等构成，法律法规较为齐全和完备，有利于为基金投资人的权益提供更好地法律保护。但是公司制私募基金的设立要求较高，程序复杂，而且不良资产投资属于特殊机遇投资，对基金的组建效率要求更高，因此国内实践中采用公司制形式的私募投资基金较少。实质上，地方AMC可以看作是公司制的不良资产投资基金。尤其是基于牌照的稀缺性，地方AMC更具有投资价值，大量民营资本、甚至是公募基金都积极通过参股地方AMC切入不良资产行业核心价值链。如安徽、湖北、山东、吉林、宁夏等地设立的地方AMC中均出现了民营资本的身影，其中西藏设立的海德资产管理公司是目前惟一一家由民营资本全资控股的地方AMC。2016年6月，黑龙江省批准设立的嘉实龙昇金融资产管理公司的股东结构中出现嘉实资本，这意味着公募基金首次进入不良资产处置领域。

2.契约制。是指当事人之间以专门的信托契约明确约定各自的权利和义务而形成的私募投资基金。因此，契约制基金的主要法律关系是信托关系，法律基础由《信托法》《信托公司管理法》《信托公司集合资金信托计划管理办法》构成。现行的《证券投资基金法》所称的“证券投资基金”即全部为契约型基金，同时将非公开募集证券投资基金正式纳入监管范围，为私募管理人募集契约型基金提供了明确的法律依据。但是，信托制度在中国的发展还不够成熟，信托制私募投资基金严格受到银监会等部门的监管，需要履行有关审批和备案手续。

3.合伙制。是指根据合伙协议组成的私募投资基金。合伙制基金一般采取有限合伙制形式，基金的投资人作为有限合伙人参与投资，以其认缴的出资额为限对债务承担责任。普通合伙人通常是基金管理人，有时也雇佣外部其他专业机构担任。有限合伙制私募投资基金的法律依据主要有《合伙企业法》《合伙企业登记管理办法》等。由于有限合伙制可以避免双重征税，间接提高了投资人的盈利空间，近年来，大多数私募投资基金采用有限合伙制形式设立。

从根本上讲，基金采用哪种组织形式主要是基于现有的法律制度基础，基金管理人和投资人共同对收益、成本与风险因素的综合权衡。从市场的实践经验看，有限合伙制无论是在设立和资金募集方面还是税负上，都有着公司制和信托制无法比拟的优势，但是目前关于有限合伙制私募投资基金的法律基础还相对薄弱，加之不良资产投资较为复杂，相关的法律法规和配套政策需要尽快制定和健全。在实践中，还存在三种组织形式相互嵌套的情形，如:公司+有限合伙、公司+信托、信托+有限合伙、公司+信托+有限合伙等形式。