公司章程是指公司依法制定的、规定公司名称、住所、经营范围、经营管理制度等重大事项的基本文件，也是公司必备的规定公司组织及活动基本规则的书面文件。

发起人协议是股份有限公司设立的必备文件，但不是有限责任公司设立的必备文件；公司章程则是两者都必须具备的设立条件。

发起人协议是任意性法律文件，主要依据发起人的意思表示一致而形成，并没有相关法律法规强制性要求发起人协议如何起草、它的条款是什么；

公司章程则更多的体现了《公司法》的强制要求，我国《公司法》对公司章程有严格的规定，明确要求它应当应当具有哪些条款，它的条款多而繁杂，大部分并不是针对公司设立阶段的。

因此，从性质看发起人协议更能体现发起人的主观意思，更能表达发起人的想法。

发起人协议调整发起人之间的关系，只在发起人之间发生法律效力；而公司章程调整的是所有股东之间、股东与公司之间、公司的管理机构与公司之间的法律关系。

所以，公司章程内容针对性不强，不是特意针对发起人而起草的法律文书，它的条款过于繁多，比起发起人协议，很明显无法有针对性地保护发起人的利益。

发起人协议自成立时生效，贯穿于公司设立行为的过程，公司成立或者设立失败时，除一些规定公司设立之后事宜的条款或独立条款，比如保密条款，其他条款基本失效；

公司章程的效力一般则及于公司成立后的整个存续过程，直至公司注销。

公司章程具有公开性，尤其是对于股份有限公司而言，需要对投资人和一般社会公众公开；发起人协议并无此类要求。